Selon qu'il soit sous contrat d'association avec l’État ou hors contrat, le programme scolaire en lycée privé peut varier d'un établissement à un autre. Lorsqu'il est sous contrat d'association avec l’État, le lycée est soumis aux mêmes obligations qu'un établissement public. Les enseignants ont quant à eux la qualité de fonctionnaires ou de maîtres contractuels. Un lycée privé sous contrat est notamment tenu de dispenser les enseignements selon les programmes et horaires de l'enseignement public de la seconde à la terminale, que ce soit en série générale ou en série technologique.
Un lycée privé hors contrat, quant à lui, n'est pas lié par une relation juridique particulière avec l’État, mais il est soumis à un régime d'inspection, tout comme les établissements privés sous contrat. Le programme scolaire en lycée privé hors contrat peut être organisé ou non selon le programme défini par l’Éducation nationale. Dans la mesure où l'établissement a une obligation de résultats plus forte, le programme scolaire est souvent renforcé. Cela implique que les lycéens ont des horaires hebdomadaires plus importants. D'une manière générale, les élèves inscrits en lycée privée bénéficient d'un encadrement plus individualisé car l’effectif est plus réduit.